تعرض مستشفى سوبا الجامعي لنهب وتخريب منظم ومقصود نفذته ميليشيا الجنجويد واستخدموا عناصرهم التي تم تدريبها بمنطقة سوبا بعد اندلاع الحرب ، وهم (حسب إفادة الحرس) من سكان المنطقة المحيطة بالمستشفى ، من أحياء سوبا الحلة وسوبا الأراضي وغيرها ، وهم المستفيدون الحقيقيون من الخدمات التي يقدمها المستشفى .
فقد شمل التخريب والنهب مركز أبحاث المايستوما والمعمل المركزي ومركز الامتحانات ومركز ساتي للأبحاث المعملية والجناح الخاص والمربع الإداري،
تم نهب كل السيارات بما فيها سيارات الإسعاف وسيارات كلية علوم المختبرات جامعة الخرطوم .
كما تمت سرقة شاشات التشخيص workstations بالإضافة لجهاز قسطرة الشرايين ، وشاشات العلامات الحيوية .
كما تم تخريب قسم القسطرة والذي تم تأسيسه وتصميمه على أفضل معيار ، ليعمل في مجال الأشعة التداخلية والقسطرة الطرفية التداخلية والقسطرة الدماغية وقسطرة القلب، وهو مشروع متكامل اكتمل العمل فيه في فترة وجيزة وباشر عدد مقدر من الحالات وبدأ في استيعاب المتدربين ومعالجة الحالات الواردة للمستشفى ..
